Знамя МЧС России учреждено Указом Президента Российской Федерации от 12 декабря 2009 г. № 1432 «Об учреждении знамени Министерства Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий, знамен его территориальных органов, образовательных учреждений профессионального образования и организаций, находящихся в ведении этого министерства».